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■教授 須藤 雄気 (Yuki Sudo, PhD)

  • 【高校】札幌市立旭丘高等学校:1996年卒・スキー検定合格
  • 【大学】北海道大学薬学部 :2000年卒・薬剤師免許取得
  • 【大学院】北海道大学大学院薬学研究科:2005年・博士(薬学)
  • (指導教員:加茂直樹 教授)
  •  *2002-2003年:奈良先端大 特別研究学生(児嶋長次郎 助教授)
  • 【E-mail】sudo[a]okayama-u.ac.jp【Tel & Fax】086-251-7945【居室】1号館316室
  •   
  • 【職歴】
  •  2005年:名古屋工業大学 [博士研究員](神取秀樹 教授)
  •  2005-2007年:テキサス大学ヒューストン校 [ポスドク](Prof. John Spudich)
  •  2007-2009年:名古屋大学大学院理学研究科 [助教]
  •  2009-2014年:名古屋大学大学院理学研究科 [准教授]
  •  2014年-   :岡山大学大学院医歯薬学総合研究科(薬学系) [教授]
  • (*兼任) 2008-2012年:JSTさきがけ研究員(増原 宏 総括)
  • (*兼任) 2009年, 2015年:東京工業大学・非常勤講師、2021年:福岡大学・非常勤講師
  • (*兼任) 2015年-2020年 :公益財団法人 新世代研究所 バイオ単分子研究会委員
  • (*兼任) 2019年- :文部科学省 科学技術・学術政策研究所(NISTEP)専門調査員
  • (*兼任) 2021年-2022年 :一般社団法人・男女共同参画学協会連絡会 [第20期運営委員]
  • (*客員) 2012-2014年:分子科学研究所・生命錯体研究領域 [准教授]
  •   
  • 【所属学会】
  •  日本生物物理学会(2000年-現在)[2011-2014, 2017-2020:運営委員/理事, 2019年〜2020年度:中国四国支部長,2019年〜2020年度:副会長]
  •  日本薬学会(2014年-現在)[物理系薬学部会][2018年度:中国四国支部役員]
  •  日本蛋白質科学会(2012年-現在)
    • 細胞を創る研究会 (2012年-現在)
  •  分子科学会(2013年-現在)
  •   
  • 【研究テーマ】光受容レチナールタンパク質を「知る・操る・役立てる」
  • 【受賞】2010年 光科学技術研究振興財団研究者表彰,2016年 文部科学大臣表彰若手科学者賞

 

■准教授 井上 剛

  • 【学 位】博士(薬学)(2001年 東京大学)
  • 【E-mail】tinoue[a]okayama-u.ac.jp
  • 【Tel】086-251-7955
  • 【居 室】1号館217室
  • 【所属学会】日本神経科学学会, 日本薬学会, 日本生物物理学会, 北米神経科学会
  • 【研究テーマ】神経電気信号に基づく神経疾患・創薬研究
  • 【キーワード】脳神経, 電気生理, 難治性てんかん, アルツハイマー病

■助教 小島 慧一

  • 【学 位】博士(理学)(2016年 京都大学)
  • 【E-mail】keiichikojima[a]okayama-u.ac.jp
  • 【Tel】086-251-7980 【居 室】1号館315室
  • 【所属学会】日本生物物理学会, 日本薬学会, 日本動物学会
  • 【研究テーマ】微生物&動物型ロドプシンの機能解析
  • 【キーワード】

■研究補助員 佐々木 さおり(須藤G)

  • 【電 話】086-251-7945【居 室】1号館316室
  • ■研究補助員 XX XXX(須藤G)

    • 【電 話】086-251-7980【居 室】1号館315室

 

<大学院生>(原著論文,総説・解説)

■D3 栗原 眞理恵 (2014/10~)・1期生

  1. Kurihara M, & *Sudo Y. "Microbial rhodopsins: Wide distribution, rich diversity and great potential" (2015)Biophys. Physicobiol. 12, 121-129.【link
  2. Niho A, Yoshizawa S, Tsukamoto T, Kurihara M, Tahara S, Nakajima Y, Mizuno M, Kuramochi H, Tahara T, Mizutani Y, & *Sudo Y. "Demonstration of a light-driven SO42- transporter and its spectroscopic characteristics" (2017) J. Am. Chem. Soc. 139, 4376-4389.【link
  3. Kojima K, Yoshizawa S, Hasegawa M, Nakama M, Kurihara M, Kikukawa T, & *Sudo Y.
    “Lokiarchaeota archaeon Schizorhodopsin-2 (LaSzR2) is an inward proton pump displaying a characteristic feature of acid-induced spectral blue-shift” (2020) Sci. Rep. 10, 20857.

■M1 川西 志歩 (2019/12~) ・6期生

  1. Kikuchi M,# Kojima K,# Nakao S, Yoshizawa S, Kawanishi S, ShibukawaA, Kikukawa T, & *Sudo Y. (#Equal contribution) “Functional expression of the eukaryotic proton pump rhodopsin OmR2 in Escherichia coli and its photochemical characterization” (2021) Sci. Rep. 20, 14765.【link

■M1 恒石 泰地 (2019/12~) ・6期生

<学部生>

■B6(薬) 中尾 新 (2018/12~) ・5期生

  1. Nakao S, Kojima K, *Sudo Y. “Microbial rhodopsins as multi-functional photoreactivemembrane proteins for optogenetics” (2021) Biol. Pharm. Bull. 44, 1357-1363. <2021/07/27>【link】*Featured Articleに選ばれました。
  2. Kikuchi M,# Kojima K,# Nakao S, Yoshizawa S, Kawanishi S, ShibukawaA, Kikukawa T, & *Sudo Y. (#Equal contribution) “Functional expression of the eukaryotic proton pump rhodopsin OmR2 in Escherichia coli and its photochemical characterization” (2021) Sci. Rep. 20, 14765. 【link
  3. 須藤 雄気, 小島 慧一, & 中尾新 “光により細胞死を制御する方法” (2020) 特願2020-196718【令和2年11月27日】

■B4(創) 工藤 万結 (2020/12~) ・7期生

■B4(創) 田村 丞 (2020/12~) ・7期生

■B4(創) 中西 浩太郎 (2020/12~) ・7期生

■B4(創) 長田 祐也 (2020/12~) ・7期生

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○ Alumni

〜2020年度(R2)〜

助教(特任):渋川 敦史 --> 北海道大学・電子科学研究所・准教授】 (2018/1~2021/3)

  1. Shibukawa A, Kojima K, Nakajima Y, Nishimura Y, Yoshizawa S, & *Sudo Y. "Photochemical characterization of a new heliorhodopsin from the gram-negativeeubacterium Bellilinea caldifistulae (BcHeR) and comparison with heliorhodopsin-48C12" (2019) Biochemistry 58, 2934.2943.【link
  2. Kojima K,# Miyoshi N,# Shibukawa A, Chowdhury S, Tsujimura M, Noji T, Ishikita H, Yamanaka A, & *Sudo Y. (#Equal contribution) “Green-sensitive, long-Lived, step-Functional anion channelrhodopsin-2 variant as a high-potential neural silencing tool” (2020) J. Phys. Chem. Lett. 11, 6214-6218. <2020/07/13>【link】*プレスリリース 日経新聞(電子版)の記事* *日刊工業新聞*
  3. Kojima K, Shibukawa A, & *SudoY. “The unlimited potential of microbial rhodopsins as optical tools” (2020) Biochemistry 59, 218-229 [Perspective] 【link
  4. Yamanashi T, Maki M, Kojima K, Shibukawa A, Tsukamoto T, Chowdhury S, Yamanaka A, Takagi S,  & *Sudo Y. "Quantitation of the neural silencing activity of anion channelrhodopsins in Caenorhabditis elegans and their applicability for long-term illumination" (2019) Sci. Rep. 9, 7863.【link

修士(創):上田 哲也】 (2017/12~2021/3)・4期生

  1. Ueta T, Kojima K, Hino T, Shibata M, Nagano S, & *SudoY. “Applicability of styrene-maleic acid (SMA) copolymer for two microbial rhodopsins, RxR and HsSRI” (2020) Biophys. J. 119, 1760-1770, 【link
  2. Kojima K#, Ueta T#, Noji T, Saito K, Kanehara K, Yoshizawa S, Ishikita H, & *Sudo Y. (#Equal contribution) “Vectorial proton transport mechanism of RxR, a phylogenetically distinct and thermally stable microbial rhodopsin” (2020) Sci. Rep. 10, 282. 【link
  3. Yasuda S, Akiyama T, Nemoto S, Hayashi T, Ueta T, Kojima K, Tsukamoto T, Nagatoishi S, Tsumoto K, Sudo Y, Kinoshita M, & *Murata T. “Methodology for further thermostabilization of an intrinsically thermostable membrane protein using amino acid mutations with its original function being retained” (2020) J. Chem. Inf. Model. 60, 1709-1716. 【link

修士(創):小野 良太】 (2017/12~2021/3)・4期生

修士(創):仲間 政樹】 (2017/12~2021/3)・4期生

  1. Kojima K, Yoshizawa S, Hasegawa M, Nakama M, Kurihara M, Kikukawa T, & *Sudo Y.
    “Lokiarchaeota archaeon Schizorhodopsin-2 (LaSzR2) is an inward proton pump displaying a characteristic feature of acid-induced spectral blue-shift” (2020) Sci. Rep. 10, 20857.

修士(創):長瀬 友里恵】 (2017/12~2021/3)・4期生

学士(薬):菊池 真鈴】(2017/12~2020/11)・4期生

  1. Kikuchi M,# Kojima K,# Nakao S, Yoshizawa S, Kawanishi S, ShibukawaA, Kikukawa T, & *Sudo Y. (#Equal contribution) “Functional expression of the eukaryotic proton pump rhodopsin OmR2 in Escherichia coli and its photochemical characterization” (2021) Sci. Rep. 20, 14765. 【link

学士(創):山中 悠嗣】 (2019/12~2021/3) ・6期生

 

〜2019年度(H31/R1)〜

修士(創):栗原 里佳】 (2016/12~2020/3)・3期生

  1. Kojima K,# Kurihara R,# Sakamoto M,# Takanashi T, Kuramochi H, Zhang X.M, Bito H, Tahara T, & *Sudo Y. (#Equal contribution) “Comparative studies of the fluorescence properties of microbial rhodopsins: Spontaneous emission versus photo-intermediate fluorescence” (2020) J. Phys. Chem. B. 124, 7361-7367. 【link
  2. Needham DM, Yoshizawa S, Hosaka T, Poirier C, Choi CJ, Hehenberger E, Irwin NAT, Wilken S, Yung CM, Bachy C, Kurihara R, Nakajima Y, Kojima K, Kimura-Someya T, Leonard G, Malmstrom RR, Mende DR, Olson DK, Sudo Y, Sudek S, Richards TA, DeLong EF, Keeling PJ, Santoro AE, Shirouzu M, Iwasaki W, Worden AZ. "“A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators" (2019) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 116, 20574-20583.【link

修士(創):三好 菜月】 (2016/12~2020/3)・3期生

  1. Kojima K,# Miyoshi N,# Shibukawa A, Chowdhury S, Tsujimura M, Noji T, Ishikita H,Yamanaka A, & *SudoY. (#Equal contribution) “Green-sensitive, long-Lived, step-Functional anion channelrhodopsin-2 variant as a high-potential neural silencing tool” (2020) J. Phys. Chem. Lett. 11, 6214-6218. 【link
  2. Kojima K#, Watanabe HC#, Doi S, Miyoshi N, Kato M, *Ishikita H, & *Sudo Y. "Miutational analysis of the conserved carboxylates of anion channelrhodopsin-2 (ACR2) expressed in Escherichia coli and their roles in anion transport" (2018) Biophys. Physicobiol. 15, 179-188【link

修士(創):山梨 太郎】(2016/12~2020/3)・3期生

  1. Yamanashi T, Maki M, Kojima K, Shibukawa A, Tsukamoto T, Chowdhury S, Yamanaka A, Takagi S,  & *Sudo Y. "Quantitation of the neural silencing activity of anion channelrhodopsins in Caenorhabditis elegans and their applicability for long-term illumination" (2019) Sci. Rep. 9, 7863. 【link

学士(創):堀江 敬太】(2018/12~2020/3) ・5期生

学士(創):横田 隼志】(2018/12~2020/3) ・5期生

【2019年8月22日:ビアガーデン@高島屋屋上】

 

〜2018年度(H30)〜

修士(創):井上 紗希】(2015/11~2019/3)・2期生

  1. Inoue S, Yoshizawa S, Nakajima Y, Kojima K, Tsukamoto T, Kikukawa T, & *Sudo Y. "Spectroscopic characteristics of Rubricoccus marinus xenorhodopsin (RmXeR) and a putative model for its inward H+ transport mechanism" (2018) Phys. Chem. Chem. Phys. 20, 3172-3183. 【link

修士(創):西川 佳吾】(2015/11~2019/3) ・2期生

修士(創):真木 美紗代】(2015/11~2019/3)・2期生

  1. Yamanashi T, Maki M, Kojima K, Shibukawa A, Tsukamoto T, Chowdhury S, Yamanaka A, Takagi S,  & *Sudo Y. "Quantitation of the neural silencing activity of anion channelrhodopsins in Caenorhabditis elegans and their applicability for long-term illumination" (2019) Sci. Rep. 9, 7863. 【link

学士(薬):金子 明正】(2015/11~2018/11)・2期生

  1. Kaneko A, Inoue K, Kojima K, Kandori H, & *Sudo Y. "Conversion of microbial rhodopsins: Insights into functionally essential elements and rational protein engineering" (2017) Biophys. Rev. 9, 861-876.【link
  2. Takayama R#, Kaneko A#, Okitsu T#, Tsunoda SP, Shimono K, Mizuno M, Kojima K, Tsukamoto T, Kandori H, Mizutani Y, Wada A, & *SudoY. (#Equal contribution) "Production of a light-gated proton channel by replacing the retinal chromophore with its synthetic vinylene derivative" (2018) J. Phys. Chem. Lett. 9, 2857-2862.【link

学士(薬):金原 加苗】(2015/11~2018/11)・2期生

  1. Kanehara K, Yoshizawa S, Tsukamoto T, & *Sudo Y. "A phylogenetically distinctive and extremely heat stable light-driven proton pump from the eubacterium Rubrobacter xylanophilus DSM 9941T" (2017) Sci. Rep. 7, 44427. 【朝日、産経、山陽新聞】, *第九回(2017)日本生物物理学会中四国支部例会・若手発表優秀賞, *日本学生支援機構(JASSO)・平成29年度優秀学生顕彰・奨励賞(学術分野)【link
  2. Kojima K, Ueta T, Noji T, Saito K, Kanehara K, Yoshizawa S, Ishikita H, & *Sudo Y. “Vectorial proton transport mechanism of RxR, a phylogenetically distinct and thermally stable microbial rhodopsin” (2020) Sci. Rep. 10, 282. 【link
  3. Hayashi T, Yasuda S, Suzuki K, Akiyama T, Kanehara K, Kojima K, Tanabe M, Kato R, Senda T, Sudo Y, *Murata T, & *Kinoshita M. “How does a microbial rhodopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained?” (2020) J. Phys. Chem. B 124, 990-1000. 【link

 

〜2017年度(H29)〜

修士(創):土井 聡子】(2014/10~2018/3) ・1期生

  1. Doi S, Mori A, Tsukamoto T, Reissig L, Ihara K, & *Sudo Y. "Structural and functional roles of the N- and C-terminal extended modules in Channelrhodopsin-1" (2015) Photochem. Photobiol. Sci. 14, 1628-1636.【link
  2. Doi S, Tsukamoto T, Yoshizawa S, & *Sudo Y. "An inhibitory role of Arg-84 in anion channelrhodopsin-2 expressed in Escherichia coli" (2017) Sci. Rep. 7, 41879. 【link】第八回(2016)日本生物物理学会中四国支部例会・若手発表優秀賞
  3. Kojima K#, Watanabe HC#, Doi S, Miyoshi N, Kato M, *Ishikita H, & *Sudo Y. "Miutational analysis of the conserved carboxylates of anion channelrhodopsin-2 (ACR2) expressed in Escherichia coli and their roles in anion transport" (2018) Biophys. Physicobiol. 15, 179-188.【link
  4. *Nakajima Y, Kojima K, Kashiyama Y, Doi S, Nakai R, Sudo Y, Kogure K, & *Yoshizawa S. “Bacterium lacking a known gene for retinal biosynthesis possesses functional rhodopsins” (2020) Microbes Environ. in press.
  5. 土井聡子 & 須藤雄気 (2015) "ビタミンAアルデヒドを発色団とするレチナールタンパク質の多様性と可能性" ビタミン 89, 83-86. 【link

学士(薬):高山 理穂】(2014/10~2017/11) ・1期生

  1. Takayama R#, Kaneko A#, Okitsu T#, Tsunoda SP, Shimono K, Mizuno M, Kojima K, Tsukamoto T, Kandori H, Mizutani Y, Wada A, & *SudoY. "Production of a light-gated proton channel by replacing the retinal chromophore with its synthetic vinylene derivative" (2018) J. Phys. Chem. Lett. 9, 2857-2862.【link】(#Equal contribution)

学士(薬):仁保 亜紀子】(2014/10~2017/11) ・1期生

  1. Niho A, Yoshizawa S, Tsukamoto T, Kurihara M, Tahara S, Nakajima Y, Mizuno M, Kuramochi H, Tahara T, Mizutani Y, & *Sudo Y. "Demonstration of a light-driven SO42- transporter and its spectroscopic characteristics" (2017) J. Am. Chem. Soc. 139, 4376-4389. 【link

学士(薬):橋本 美沙】 (2014/10~2017/11) ・1期生

学士(薬):本田 尚也】 (2014/10~2017/11) ・1期生

  1. Honda N, Tsukamoto T, & *Sudo Y. "Comparative evaluation of the stability of seven-transmembrane microbial rhodopsins to various physicochemical stimuli" (2017) Chem. Phys. Lett. 682, 6-14.
  2. Tsukamoto T, Mizutani K, Hasegawa T, Takahashi M, Honda N, Hashimoto N, Shimono K, Yamashita Y, Yamamoto M, Miyauchi S, Takagi S, Hayashi S, *Murata T, & *Sudo Y. "X-ray crystallographic structure of thermophilic rhodopsin: implications for high thermal stability and optogenetic function" (2016) J. Biol. Chem.. 291, 12223-12232. 【link】【科学新聞】

【2017年3月24日:卒業式にて】

 

〜2016年度(H28)〜

助教:塚本 卓 --> 北海道大学・大学院理学研究科・助教】

【2016年4月6日:お花見ー半田山植物園】

〜2015年度(H27)〜

【2015年9月4日:ゼミ旅行ー広島県世羅町】

〜2014年度(H26)〜

[2014年10月13日:台風迫る岡山]

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